畜禽飼養過程中常伴隨疫病的發生，因病死亡或瘦弱淘汰，是不可避免的，這些淘汰和死亡畜禽成為須清除的廢棄物；屠宰場屠宰畜禽後也會有一些如廢棄的屠體和內臟等廢棄物。畜牧場和屠宰場廢棄物以化製場處理係最有效率和最經濟的方式，經過高溫和高壓的處理過程可完全將細菌、病毒和寄生蟲殺死，成為安全可利用的飼料或肥料。
畜牧場須與合法化製場簽訂委託處理合約，處理廢棄物的同時，亦應利用網路申報廢棄物產生清除及填寫化製場用「委託清除化製原料三聯單」，動物保護防疫所112年查核縣轄養畜禽場使用化製三聯單情形66場次，勾稽比對374張與系統連線資料建置正確性，道路攔檢查化製原料運輸車防漏密閉設施及消毒設備14輛次，其中違規裁處一件。
「化製場及化製原料運輸車消毒及管理辦法」規定化製場應與委託化製處理的業者簽訂委託化製動物屍體或廢棄屠體契約書，動物保護防疫所已於112年12月13日查驗縣轄社團法人苗栗縣養豬協會二輛（車牌號碼AAJ-973及KEG-6563）化製原料運輸車，具有消毒及防漏且密閉設備並發給合格證，動物保護防疫所亦同發文將化製原料運輸車司機姓名和車號造冊與檢驗資料送警察機關、環境保護局及中央監理機關備查。
畜牧場死廢畜禽首重自律管理，縣長鍾東錦呼籲如發現有相關問題可向動物保護防疫所通報或打免付費電話0800-039131向農業部動植物防疫檢疫署提出檢舉，以共同維護消費者的安全與健康。