成立沿革
民國42年，鑑於畜禽疾病發生猖獗，嚴重影響畜禽生產，為求及時發現病因，採取有效控制對策，在農復會及農林廳補助下，於縣政府建設局設立「家畜疾病診斷所」，所址設於苗栗市中山路。其後，由於畜禽生產事業發展迅速，為適應需要，民國58年奉台灣省政府58年2月10日丙字第2927號函及苗栗縣政府58年7月23日栗府人字第049187號函，自民國58年成立苗栗縣家畜疾病防治所。由於業務擴增水產動物疾病防治、野生動物(鯨豚救援)疾病防治、動物保護(實驗動物)、動物管制、動物收容所、寵物登記及寵物業管理等防檢疫工作，自民國89年1月31日奉苗栗縣政府八九府行法字第8900051145號令更名為苗栗縣動物防疫所，於民國104年5月13日府行法字第1040097420號令修正「苗栗縣動物防疫所組織規程」更名為「苗栗縣動物保護防疫所組織規程」，後於民國108年05月08日府行法字第1080088005號令修正發布第2條、第4條、第6條及第10條條文，及民國112年4月20日府行法字第1120096156號令修正發布第2條、第4條、第6條及第7條之1條文。
組織編制
本所置所長1人，由具獸醫師資格者任之，承縣長之命，兼受本府農業處處長之督導，綜理所務，並指揮、監督所屬員工， 秘書1人協助所長襄理所務，分設4課室。
下列各課，分別掌理有關事項：
一、動物防疫課：掌理經濟動物(豬、牛、羊、鹿、馬、雞、鴨、鵝等)疾病防治、斃死畜禽化製及查核輔導、肉品市場與動物屠宰場及理貨場衛生檢查等事項。
二、動物檢疫課：掌理獸醫行政及公共衛生、輸出入動物追蹤檢疫、獸醫師管理教育訓練及發證、動物狂犬病防疫、動物疫病診療、水生生物疫病防治、動物用藥品管理查核及發證、畜禽水產品藥物殘留檢驗、研考、採購、出納、收發文書檔案管理、庶務總務及財產管理登記等事項。
三、寵物管理課：掌理寵物產業管理、特定寵物繁殖買賣寄養管理、寵物晶片植入登記、寵物食品管理、寵物用品、寵物美容、寵物生命紀念、寵物公園、動物保護設施容許使用、動物展演管理等新興產業管理與法規及其消費者保護、其他有關寵物管理事項。
四、保護收容課：掌理動物保護、動物福利、實驗動物、動物管制捕捉救援運送、動物收容醫療照護絕育、動物認領養諮詢關懷追蹤、動物收容所及遊蕩犬貓精進管理措施等事項。